Pembentukan MAN Insan Cendekia berawal atas kebutuhan sumber daya manusia yang memiliki kualifikasi tinggi akan ilmu pengetahuan maupun teknologi dan sejalan dengan keimanan maupun ketakwaan. Prof. Dr. Ing. B. J. Habibie menginisiasi lewat BPPT (Badan Pengkajian dan Penerapan Teknologi) membentuk STEP (Science and Technology Equity Program).Tujuan STEP adalah penyetaraan program ilmu pengetahuan dan teknologi untuk sekolah di lingkungan pesantren.

Pada tahun 1996, STEP melekatkan nama SMU Insan Cendekia sebagai nama lembaga pendidikan. STEP memilih lokasi di Serpong (Banten) dan Gorontalo. Rancangan model pendidikan STEP mengambil filosofi magnet school. Lembaga pendidikan ini mampu menarik sekolah sekitarnya untuk terpicu dalam prestasi dan menyiapkan calon pemimpin masa depan bangsa. Pada tahun 2000, BPPT melimpahkan manajerial SMU Insan Cendekia ke Departemen Agama RI. Alih tata kelola ini mengubah nama SMU menjadi MAN (Madrasah Aliyah Negeri) Insan Cendekia. Meskipun demikian, ciri dan karakter pendidikan STEP tetap melekat dan tidak berubah.

Pada tahun 2016 tepatnya tanggal 18 Juli , MAN Insan Cendekia Kota Palu Resmi Beroperasi Menjalankan Kegiatan Belajar Mengajar yang diawali dengan Masa Ta aruf Siswa Madrasah (MATSAMA) yang dihadiri langsung oleh Dirjen Pendis Kementerian Agama Republik Indonesia, Bapak Prof.Dr.Phil.H.Kamaruddin Amin, MA yang didampingi oelh Kasubdit Kurikulum Dirjen Pendis kemenag RI, Bapak Drs. H.M. Syafii dan Kepala Bidang Pendidikan Madrasah kantor wilayah Prop. Sulawesi Tengah, Bapak H. Muh. Junaidi serta seluruh siswa dan orang tua wali.

Adapun status Penegrian MAN Insan Cendekia Kota Palu diresmikan langsung Oleh Menteri Agama Republik Indonesia, Bapak Lukman Hakim Syaifudin, Pada Tanggal 23 Agustus 2016 Di Pontianak Kalimantan Barat.

Daftar Kepala  Madrasah yang pernah menjabat hingga sekarangL

1. SOIM ANWAR,S.Pd.,M.Pd (2016-2023)

2. Mardiati Rosmah,S.Ag.,M.Ag (2023-Sekarang)